Møllen brændte i 1909. Branden var påsat af en 15 årig tjenestedreng, som ikke var tilfreds med forholdene på stedet. Billedet viser de sørgelige rester efter denne handling.

Bygningerne er helt væk bortset fra nogle fundamentsrester. Tilbage stod møllehjulet og dele af den trækonstruktion, som ledte vandet fra den bagvedliggende mølledam til møllehjulet. Disse dele af møllen har været så mættede af vand, at ilden ikke har kunnet fortære dem.

Bevoksningen tyder på, at billedet er taget en rum tid efter branden.  

På billedet ses mølledammen i forgrunden, og herfra er vandet ledt til møllehjulet i ejendommens sydlige ende ( venstre gavl).

Billedet er taget fra øst mod vest, og i baggrunden ser man fjorden.

Beskrivelsen af området omkring"Haraldsborg Slotsbanke" og "Haraldsborg Mølle"går helt tilbage til den tidlige middelalder i starten af 1100'tallet.

Det er i den forbindelse ganske afgørende for forståelsen, at man er bekendt med Roskildes topografiske forhold i de tider.

Hvis man fra Roskilde Fjord stævnede ind mod byen, så man foran sig det høje plateau, hvor Domkirken og det meste af byen lå omkring 40 meter over vandet, og hvor man som i dag ser et kraftigt faldende terræn mod bunden af fjorden.

Til venstre (øst) hævede landet sig i et stort set ubebygget og kuperet terræn i retning mod Himmelev - højest ved det vi i dag kalder Galgebakken med omkring 11 meter til vandoverfladen.

Til højre (vest) hævede bakkerne ved Sct. Jørgensbjerg Kirke sig også markant, og der var pænt høje volde lidt længere ude ved Bistrup-området.

Vandstanden var omkring ½ meter højere end i dag, og fjorden har strakt sig omkring 100-150 meter længere ind i landet mod syd end i dag. Siden har kombinationen af naturlig opfyldning af det inderste af fjorden kombineret med menneskeskabte opfyldninger på 1½-2 meters højde flyttet kystlinien til det vi kender i dag, men på både øst- og vestsiden har vandet dengang stået helt op til de nævnte banker og højdedrag.

På kortet er "Haraldsborg Slotsbanke" markeret med rødt, og "Haraldsborg Mølle" med blåt. Det skal bemærkes, at højdeforskellen mellem de angivne koter er 2½ meter, så når der har været højvande i fjorden, er den ordinære kystlinie - markeret med den yderste stiplede linie -  gået en hel del tættere på den nærmeste fuldt optrukne linie - og slotsbanken ligger tydeligt højere end møllen.

At der "altid" har været en vej fra Roskilde mod Frederiksborg er ikke til diskussion, men det ser ud til at det kan overvejes, om vejføringen i 1100'tallet har været som nu. En vandkant som er gået helt op til "Haraldsborg Mølle" og skråningerne op til "Haraldsborg Slotsbanke" kan i de år ha' tvunget vejføringen højre om bankerne - altså mod øst.

Hvornår vejføringen i givet fald så er blevet som vi kender den i dag er uvist, men det er naturligvis sket så snart forholdene har gjort det muligt, d.v.s. når vandstanden stille og roligt har sænket sig, og den naturlige opfyldning af den inderste del af fjorden er taget til.

Billederne herunder viser, at denne del af Frederiksborgvej var stort set ubebygget i starten af 1900'tallet og at den menneskeskabte opfyldning ud i fjorden har taget kraftigt fart i de følgende år.

I 1843 var Johan G. Burman Becker (1802-1880) på stedet. Han var uddannet apoteker, men helligede sig et historisk forfatterskab hvori indgik udarbejdelse af en stor samling af historiske tegninger m.v.

Ingen tvivl om at hans primære ærinde var at beskrive Haraldsborg Slotsbanke, men tegningen af slotsbanken indeholder samtidig en ganske fin beskrivelse af vandmøllen.

Man bemærker sig at mølledammen sandsynligvis har været betydeligt større mod nord jfr. Beckers påtegning herom : "Eng fordum en dam" - og det har sikkert været overkommeligt også at lede noget af åen nord om slotsbanken til beskyttelse af fæstningen.

På kort og billeder fremgår iøvrigt, at møllehjulet har været i sydenden af den firelængede møllegård, så også her må man ha' ledt vandet frem til møllehjulet efter behov, indtil det tilsidst fandt vej de sidste få meter til fjorden.

J.P. Møllers maleri fra 1823 viser en noget romantiseret udgave af Haraldsborg Mølle. Lige bag møllebygningen tårner slotsbanken sig op, men i virkeligheden var der en noget større afstand mod nord (venstre) til de høje skrænter. Vandet fosser ud over møllehjulet, men forbindelsen til mølledammen fortoner sig i det uvisse. Faktisk har mølledammen ligget nogenlunde der hvor kunstneren lader slotsbanken tårne sig op, så udtrykket "kunstnerisk frihed" har i høj grad gjort sig gældende.

J.P. Møller har tegnet detaljer fra Haraldsborg Mølle, men har i sit endelige værk brugt anden vinkel på beskrivelsen af vandtilførslen til møllehjulet.

Noget helt unikt ved Roskilde er de mange kilder, hvor vandet fra undergrunden under det store Hedelands-plateau presses ud mod Roskilde Fjord.

Det er to af disse mange vandrige kilder, som giver den væsentligste del af vandet til Haraldsborg Mølle.

Den ene kilde er Klosterkilden, hvis udspring er lige nord for klosteret ( i haven og bebyggelsen øst for Sct. Maria Hospital) - og den dag i dag springer kilden, hvis vand ledes til den midterste sø i Klostermarken.

Tidligere - måske helt tilbage til middelalderen -  løb vandet først til en stor mølledam ved Rimors Mølle ( nu Hjemmeværnsgården) og fortsatte derefter til en tilsvarende mølledam ved Kobbermøllen.  Jacob Kornerup har i sit kort  "Grundrids af Roskilde i ældre tider" udarbejdet i 1891 vist kildeforløbet, og næste stop var Siegfrids Mølle, og til sidst nåede den til mølledammen ved Haraldsborg Mølle.

Det skal bemærkes, at ligesom byens mange veje og stier har skiftet navne tilbage tiden, således har også nogle af byens kilder og vandmøller haft skiftende navne - og det viste kort er altså Kornerups fortolkning. 

Den anden kilde var kilden ved Ladegårdsmøllen syd for Himmelev, og vandet gjorde så endnu en gang nytte ved Haraldsborg Mølle.

Der er ingen tvivl om at begge kilders forløb er reguleret efter behov - Klosterkilden ville naturligt ha' løbet ud i fjorden syd for Haraldsborg Mølle, og på samme måde ville Ladegårdsåen naturligt ha' fundet vej nord om Haraldsborg Banke.

Da Kornerup i 1891 udfærdigede sin skitse over Klosterkildens forløb med endestation i fjorden, har han illustreret en kilde, som formentlig har været åben og synlig hele vejen - dog med en eller anden form for et tildækket forløb under Frederiksborgvej, og måske også et par andre steder.

I vore dage er dele af kilden stadig synlig, men i høj grad er den blevet rørlagt af hensyn til diverse bebyggelser.

På en af de dage, hvor der virkelig har været lavvande i fjorden, var fotograf Bennie Hansen på pletten og kunne vise hvordan Klosterkilden nu er rørlagt under Frederiksborgvej og et pænt stykke ud i fjorden.

I 1841 dukkede der i forbindelse med pløjning af plateauet på Haraldsborg Slotsbanke et værdifuldt fund frem. Slotsbanken var en del af møllens jorder, hvor der var almindelig landbrugsdrift.

Det var et såkaldt nadversæt - en alterkalk og alterdisk, som ses øverst på Nationalmuseets foto af flere fund på stedet.

Man formoder, at de blev nedgravet i de urolige tider tidligt i 1130'erne og inden Harald Kesja blev fordrevet i 1133.

Et mere omfangsrigt fund skete nogenlunde samme sted i 1854, hvor man fandt en forgyldt drikkeskål af sølv, et forgyldt sølvlåg, og endelig dele af et skrin med 628 mønter.

Blandt mønterne var nogle slået af Erik Emune i Lund, hvilket han først kan ha' gjort efter 1133, så dette fund må være nedlagt senere end dette år.

Endelig blev der igen fundet en fingerring af guld under pløjning i 1896.